新型コロナウイルス:日本ではヨーロッパ株が流行

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    国立感染症研究所が、新型コロナウイルスのゲノム分子疫学調査の結果を発表しました。現在日本で流行しているウイルスは、感染の第2波としてヨーロッパからもたらされたことが分かりました。

     

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    ウイルスのゲノムは感染をくり返しながら、少しずつ変異していきます。したがって、ウイルス感染者のゲノムを解読し、他の感染者のゲノムとどのくらい近縁かを調べることによって、ウイルスの系統樹をつくったり、どのような経路で感染したかを明らかにすることができます。

     

    現在、GISAIDとよばれるデータベースには世界各地の新型コロナウイルス患者4511人のゲノム配列が登録されています。国立感染症研究所ではこのデータに、国内患者562人のゲノム配列を加えて分析し、ウイルスの親子関係のネットワーク図をつくりました。

     

    これによると、武漢でのウイルス発生後、早い時期に日本にもたらされたウイルス、およびダイヤモンド・プリンセンス号の患者のウイルスは現在では消失しており、日本は第1波を抑え込んだことが分かりました。しかし、3月にヨーロッパからの帰国者(旅行者、在留邦人)経由で新たにウイルスがもたらされました。現在、このヨーロッパ株のウイルスが日本で流行しています。「初期の中国経由(第1波)の封じ込めに成功した一方、欧米経由(第2波)の輸入症例が国内に拡散した」と、調査報告では述べられています。

     

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    上のネットワーク図で、赤色が日本、空色がヨーロッパ、黄緑色がアメリカで流行しているウイルスです。武漢の近くにある赤色のクラスターは初期の感染によるものです。中国のウイルスは波状的にヨーロッパにもたらされたことが、この図から分かります。そのクラスターの1つからウイルスはアメリカ東海岸にもたらされました。アメリカ西海岸には太平洋を横断して中国から別系統のウイルスがもたらされました。現在日本で主に流行しているウイルスは左上に位置し、ヨーロッパに発生したクラスターの1つからもたらされたことが分かります。

     

    GISAIDのデータを用いた同じようなネットワーク分析はNextstrainというウェブサイトでも行われています。

     

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    このネットワーク図では、ウイルスがヨーロッパおよび太平洋を渡ってアメリカにもたらされたことは分かりますが、日本人患者のゲノム配列データが初期のものであるため、ヨーロッパ株が日本に進入したことは分かりませんでした。

     

    ドイツのPeter Forsterらのグループも同じような研究をPNAS(米国科学アカデミー紀要)に発表しています。この論文でForsterらは、新型コロナウイルスはABC3つのグループに分けられるとしています。

     

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    A型はコウモリのウイルスに近い祖先型で、そこから東アジアに多いB型が派生しました。また、A型とC型はヨーロッパとアメリカにかなりの割合でみられるとのことです。このことは、今回の国立感染症研究所の結果と同様、ウイルスはヨーロッパに初期の段階から何度にもわたってヨーロッパにもたらされ、アメリカにはヨーロッパ経由と太平洋経由の2つのルートでもたらされたことを示しています。

     

    このように、ゲノム情報を「配列指紋」として疫学調査に利用することは、ウイルス感染を追跡し、さらなる感染拡大を防止する上で非常に有益です。

     



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